大腸桿菌的基因通常由4個字母的首字母縮寫來命名,這些首字母縮略詞源自它們的功能(已知時)并以斜體顯示。例如,recA是根據(jù)它在同源重組中的作用加上字母A來命名的。功能相關基因被命名recB,recC,recD等等。蛋白質(zhì)以大寫首字母縮寫命名,例如RecA、RecB等。當人類的基因組大腸桿菌測序完成后,所有基因在基因組中按其順序編號(或多或少),并用b編號縮寫,如b2819(=recD)。“b”的名字是由弗雷德·布拉特納(FredBlattner)命名的,他領導了基因組測序工作。是用另一種大腸桿菌菌株W3110的序列引入的,該菌株在日本進行了測序,因此使用的編號以JW開頭(JapaneseW3110),例如JW2787(=recD)。因此,recD=b2819=JW2787。然而,請注意,大多數(shù)數(shù)據(jù)庫都有自己的編號系統(tǒng),例如生態(tài)基因數(shù)據(jù)庫將EG10826用于recD。然后,ECK編號專門用于大腸桿菌K-12MG1655菌株的等位基因。基因及其同義詞的完整列表可以從數(shù)據(jù)庫中獲得,如EcoGene或Uniprot。菌株在食品加工中也有應用,如發(fā)酵制作酸奶、豆腐等。孟買甲烷葉菌菌種
凍存銅綠假單胞桿菌時,要先消化細胞,將細胞懸液收集至離心管中。1000rpm離心10分鐘,棄上清液。沉淀加含保護液的培養(yǎng),計數(shù),調(diào)整至5×106/毫升左右。將懸液分至凍存管中,每管1毫升。將凍存管口封嚴。如用安瓿瓶則火焰封口,封口一定要嚴,否則復蘇時易出現(xiàn)爆裂。貼上標簽,寫明細胞種類,凍存日期。凍存管外拴一金屬重物和一細繩。按順序降溫,室溫→4攝氏度(20分鐘〕→冰箱冷凍室(30分鐘)→低溫冰箱(-30攝氏度1小時)→氣態(tài)氮(30分鐘)→液氮。注意操作時應小心,以免液氮凍壞。液氮定期檢查,隨時補充,不能揮發(fā)干凈,一般30立升的液氮能用1~1.5月。狹截盤多毛孢銅綠假單胞菌是假單胞菌目中的一種。
SHBCCD73706庫爾勒糖芽孢桿菌SHBCCD73706=JCM14865=KCTC13182Saccharibacilluskuerlensis模式菌株SHBCCD73707安徽黃桿菌SHBCCD73707=KCTC22128Flavobacteriumanhuiense模式菌株SHBCCD73708刺目黃假單胞菌SHBCCD73708Pseudomonasduriflava模式菌株SHBCCD73709泗陽鞘氨醇桿菌SHBCCD73709=KCTC22131Sphingobacteriumsiyangense模式菌株SHBCCD73710鹽土假芽孢桿菌SHBCCD73710=KCTC13181Fictibacillussolisalsi模式菌株SHBCCD73711嗜線蟲沙雷氏菌SHBCCD73711=KCTC22130Serratianematodiphila模式菌株SHBCCD73712沙漠棒桿菌SHBCCD73712Corynebacteriumdeserti產(chǎn)谷氨酸SHBCCD73713仙河深海螺旋菌SHBCCD73713=JCM14850Thalassospiraxianhensis模式菌株SHBCCD73714仙河鹽單胞菌SHBCCD73714=JCM14849Halomonasxianhensis模式菌株SHBCCD73715天格爾黃桿菌SHBCCD73715=JCM15087Flavobacteriumtiangeerense模式菌株SHBCCD73716冰川游動微菌SHBCCD73716=JCM15088Planomicrobiumglaciei模式菌株SHBCCD73717鮭色沉積物桿狀菌SHBCCD73717=NBRC103935Sediminibacteriumsalmoneum模式菌株SHBCCD73718陳文新氏黃桿菌SHBCCD73718=NBRC103934Flavobacteriumcheniae模式菌株
銅綠假單胞桿菌的模板DNA經(jīng)加熱變性成單鏈后,溫度降至55攝氏度左右,引物與模板DNA單鏈的互補序列配對結合。DNA模板-引物結合物在TaqDNA聚合酶的作用下,以dNTP為反應原料,靶序列為模板,按堿基配對與半保留復制原理,合成一條新的與模板DNA鏈互補的半保留復制鏈重復循環(huán)變性、退火、延伸三過程,就可獲得更多的“半保留復制鏈”,而且這種新鏈又可成為下次循環(huán)的模板。每完成一個循環(huán)需2~4分鐘,2~3小時就能將待擴增的目的基因擴增放大幾百萬倍。另外,銅綠假單胞桿菌的斜面菌種和凍干菌種應在2-8攝氏度保存。銅綠假單胞桿菌應采用凍結保存管宜采用塑料冷凍保存管,使用玻璃安瓿。目前國際公認的分類,主要有六個種類的大腸桿菌。
一些研究已經(jīng)研究了大腸桿菌的蛋白質(zhì)組。4237個開放閱讀框架中的1627個(38%)已經(jīng)通過實驗確定。給出了大腸桿菌K-12的4639221個堿基對序列。在注釋的4288個蛋白質(zhì)編碼基因中,38%沒有被賦予任何功能。與其他五種已測序的微生物進行比較,發(fā)現(xiàn)其基因家族普遍存在,且分布較窄。大腸桿菌內(nèi)部有許多相似基因的家族也很明顯。至大的旁系同源蛋白質(zhì)家族包含80個ABC轉運蛋白?;蚪M作為一個整體,就局部復制方向而言是驚人地有組織的。鳥嘌呤、寡核苷酸可能與復制和重組有關,而且大多數(shù)基因都是定向的?;蚪M還包含插入序列(IS)元件、噬菌體殘余物和許多其他異常組成的斑塊,表明基因組通過水平轉移具有可塑性。金黃色葡萄球可以直接用于繼續(xù)傳代,用來做上述應用。人參布哈加瓦氏菌菌株
大腸桿菌是動物腸道中的正常寄居菌,其中很小一部分在一定條件下引起疾病 。孟買甲烷葉菌菌種
SHBCCD73737人參布哈加瓦氏菌SHBCCD73737=DSM19038Bhargavaeaginsengi模式菌株SHBCCD73738北京布哈加瓦氏菌SHBCCD73738Bhargavaeabeijingensis模式菌株SHBCCD73739中山小短桿菌SHBCCD73739=DSM18832=LMG23926Brachybacteriumzhongshanense模式菌株SHBCCD73740南極類生孢八疊球菌SHBCCD73740=JCM14646Paenisporosarcinaantarctica模式菌株SHBCCD73741格氏李斯特氏菌SHBCCD73741=ATCC35967=CIP100100Listeriagrayi模式菌株SHBCCD73742銅綠假單胞菌SHBCCD73742Pseudomonasaeruginosa2-酮基-L-古龍酸SHBCCD73743矢野氏鞘氨醇單胞菌SHBCCD73743SphingomonasyanoikuyaeSHBCCD73744蒙氏腸球菌SHBCCD73744EnterococcusmundtiiSHBCCD73745嗜熱鏈球菌SHBCCD73745Streptococcusthermophilus乳制品SHBCCD73746植物乳球菌SHBCCD73746=ATCC43199Lactococcusplantarum模式菌株SHBCCD73747環(huán)狀芽孢桿菌SHBCCD73747=ATCC4513=JCM2504=LMG13261=NCTC2610Bacilluscirculans模式菌株SHBCCD73748葉際類芽孢桿菌SHBCCD73748PaenibacillusphyllosphaeraeSHBCCD73749無丙二酸檸檬酸桿菌SHBCCD73749CitrobacteramalonaticusSHBCCD73750無丙二酸檸檬酸桿菌SHBCCD73750Citrobacteramalonaticus孟買甲烷葉菌菌種
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