工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的典型工藝和裝備是以物理過濾結合生物過濾為主體，對養(yǎng)殖水體進行深度凈化，并集成了水質自動監(jiān)控系統(tǒng)，實時監(jiān)測并調控養(yǎng)殖水體質量并可追溯。該系統(tǒng)具有工藝技術完善、水處理效果好、水質狀況穩(wěn)定、生產(chǎn)操作舒適、設備維護簡便、運行成本低、系統(tǒng)投資省等優(yōu)點。這是一套簡潔有效的工藝技術路線：魚池出水自流進入微濾機池，去除殘餌和魚糞等顆粒直徑大于60微米的固體懸浮物質，經(jīng)水泵提升進入生物濾器，一方面截流微小的顆粒懸浮物，另一方面對水體中的氨氮進行降解，凈化后的水自流回魚池。

高密的養(yǎng)殖下，一旦系統(tǒng)崩潰、疾病爆發(fā)或循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)運行的穩(wěn)定性和系統(tǒng)總水量的平衡、生物濾池的維護、過濾設施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養(yǎng)殖密度以及水質的檢測和疾病的預防都是分不開的。因此，循環(huán)水系統(tǒng)的科學有效運行是多學科知識的綜合體現(xiàn)。研究調查發(fā)現(xiàn)，很多企業(yè)對循環(huán)水養(yǎng)殖的原理、水處理設施設備的作用、運行參數(shù)等知之甚少，直接影響到系統(tǒng)的運行管理。較高的進入門檻也進一步加大了循環(huán)水養(yǎng)殖模式的推廣難度。

20世紀90年代，在淡水養(yǎng)殖方面，隨著經(jīng)濟的快速發(fā)展，全國各地興建了很多水產(chǎn)養(yǎng)殖示范區(qū)，建立了一批淡水魚類工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)，但是其經(jīng)濟性矛盾依然突出。而工廠化循環(huán)水苗種繁殖生產(chǎn)系統(tǒng)具有水環(huán)境可控、苗種質量高等優(yōu)點，適應了苗種生產(chǎn)的反季節(jié)性、水質條件要求高的特點，并且苗種的單位產(chǎn)值高，使之得到了一定程度的應用。以大菱鲆工廠化流水養(yǎng)殖為代表的海水工廠化養(yǎng)殖的大力推廣，隨之而來的是優(yōu)質水資源大量耗用，尤其是地下水資源，造成地下水位下降、地陷等諸多問題。“九五”以來，國家有關科研計劃大力支持海水工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的研究，并取得了重要的階段性成果。